新生儿合作医疗是指在中国农村地区实行的一项基本医疗保险制度，为农村居民提供基本的医疗保障。下面是新生儿合作医疗的办理流程：

1. 办理户口迁移手续：父母需要将新生儿的户口迁移到农村地区，获得农村居民身份。

2. 缴纳费用：根据当地政策规定，父母需要缴纳一定的合作医疗费用。具体费用标准可以咨询当地合作医疗管理机构。

3. 登记信息：父母需要携带新生儿的身份证明、户口本、父母的身份证等材料，到当地的合作医疗管理机构进行登记。

4. 办理医疗卡：在登记后，父母会获得一张新生儿合作医疗卡，上面有新生儿的个人信息和医疗保险信息。

5. 就医报销：当新生儿需要就医时，父母需要携带合作医疗卡和就诊发票等相关材料到当地合作医疗管理机构办理报销手续。

6. 医疗保障范围：新生儿合作医疗通常包括基本的医疗费用报销，如门诊费用、住院费用、手术费用等。具体的保障范围可以咨询当地合作医疗管理机构。

需要注意的是，不同地区的新生儿合作医疗政策可能会有所差异，具体办理流程和费用标准以当地政策为准。