深圳海关不缴纳公积金的原因主要有以下几点：

1. 自主权问题：深圳海关作为国家的边境管理机构，其工作性质与其他政府机构有所不同。根据相关法规，国家机关和事业单位可以根据实际情况决定是否缴纳公积金，这是一种自主权。深圳海关可能认为，不缴纳公积金可以更灵活地运作，以适应海关工作的特殊性。

2. 经费来源问题：深圳海关的经费主要来自于税收和收费等渠道，不像企业一样有稳定的盈利渠道。缴纳公积金会增加海关的负担，可能会对其正常运作造成一定的影响。

3. 工作性质问题：深圳海关的工作具有一定的特殊性，需要频繁调动和部署人员，以及应对各种突发情况。缴纳公积金可能会给海关管理和人事调配带来一定的不便，不利于工作的灵活性和高效性。

需要注意的是，以上仅是对深圳海关不缴纳公积金的一些可能原因的解释，具体原因可能还包括其他因素。